宏基因組測序
技術(shù)簡介
宏基因組( Metagenome，也稱微生物環(huán)境基因組 Microbial Environmental Genome, 或元基因組)是 1998 年由 Handelsman 等提出的，是環(huán)境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和，它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因，目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和真菌的基因組總和。以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象，以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法，主要應(yīng)用于群落結(jié)構(gòu)分析、環(huán)境中的基因功能分析、以及發(fā)掘新物種。
技術(shù)路線
送樣建議
| 濃度（Qubit） | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| ≥50ng / μL | ≥35 μL | ≥1.5 μg | DNA 無降解 |
技術(shù)參數(shù)
| 宏基因組測序 | 測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
270bp 小片段文庫 HiSeq/NovaSeq PE150 | 5~10G raw data | 45 個自然日 |
案例分析
研究背景
阿古拉斯環(huán)提供海水循環(huán)從印度太平洋到大西洋盆地的主要途徑。它們對全球海洋環(huán)流的影響是眾所周知的，但它們的影響在浮游生物運輸中的作用并未闡述清楚。
研究目的
解析阿古拉斯環(huán)的環(huán)境特征對浮游生物的影響。
研究結(jié)果
對海水利用不同孔徑的濾膜進(jìn)行過濾，分為四個部分 0.2-3.0 微米、5-8 微米、20-180 微米和 180-2000 微米， 對這四個部分進(jìn)行宏基因組的測序分析，結(jié)果顯示南大西洋與印度洋的浮游生物的多樣性不同，通過對輕厄加勒斯環(huán)采樣的實時采樣表明，強(qiáng)垂直混合驅(qū)動復(fù)雜的氮 循環(huán)，塑造成了群落代謝和生物地球化學(xué)的特征，但是在阿古拉斯環(huán)內(nèi)部是另外一種機(jī)制，這種環(huán)境限制了印度洋的浮游生物類群向大西洋的擴(kuò)散。
參考文獻(xiàn)
[1]. Villar, E. et al. Ocean plankton. Environmental characteristics of Agulhas rings affect interocean plankton transport. Science 348, 1261447, doi:10.1126/science.1261447 (2015).
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